关于锦鲤的起源众说纷纭，有人说它起源于日本，大约1804~1829年间，在日本新泻县山间饲养的食用鲤中，出现了变异的鲤鱼，后经人们不断选育，并通过杂交技术培育出了现在种类繁多的锦鲤。也有人认为锦鲤起源于中国，是我国江西的红鲤、浙江杭州的金鲤传入日本后，经日本人民的长期人工选育而培育出的品种。还有人认为，锦鲤的起源就是鲤鱼的起源，而鲤鱼起源于黑鱼（Magoi），这种鱼至今仍生活在地球上，它原产东亚，由东亚传至中国后再经朝鲜传到日本，至今已有2500年的历史……
无论锦鲤的起源如何，它确是从日本发展和兴盛起来的。日本文政时代（1804~1829年），新泻县一带的养殖者对变异的鲤鱼进行筛选和改良，培育出了具有网状斑纹的浅黄和别光。到了天宝年间（1830年），又培育出了白底红碎花纹的红白鲤。大正六年（1917年），由广井国藏培育出了真正的也是最原始的红白鲤，后来经过高野浅藏和星野太郎吉的改良，红白鲤的红质和白质有了较大的提高，之后由星野友右卫门于昭和十五年（1940年）培育出友右卫门系、纹次郎系；佐滕武平于昭和二十七年（1952年）培育出武平太系；广井介之丞于昭和十六年（1941年）培育出弥五左卫门系。但是，这些还都是红质很淡的原始种。现在最著名的红白锦鲤有仙助系、万藏系和大日系，分别由纲作太郎于昭和二十九年（1954年）、川上长太郎于昭和三十五年（1960年）、间野宝于昭和四十五年（1970年）培育出来的。经过日本养殖人经过多年的培育与筛选，使锦鲤发展到了全盛时期，锦鲤成了日本的国鱼，并被作为亲善使者随着外交往来和民间交流，扩展到世界各地。
锦鲤学名：Cryprinus carpiod 在生物学上属于鲤科（Cyprinidae），鲤科是所有鱼种中最大的一科，超过1400种鱼种。