鲤鱼在生物学上属于鲤科，锦鲤是鲤鱼的变种，其体形态和鲤鱼相似，体躯侧扁呈纺锤形，体表有绚丽的色彩和变幻多姿的斑纹，身体分头、躯干、尾三部分。头部前端有口，口角生吻须两对，中部两侧有眼，眼上方有鼻，腮居眼的后下方。从躯干到尾部，依次生长着胸鳍，背鳍，腹鳍，臀鳍，尾鳍。鱼体覆盖有鳞片，体两侧各有一条字腮盖后缘通向尾柄的侧线，口缘无齿，有发达的咽喉齿，不同品种之间的区别，除色彩，,斑纹之外，还在于其外部形态和鳞片发生的变异。大概分为以下13个种类：

一、红白锦鲤：体表底色为银白色，镶嵌有变幻的红色斑纹，在日本被认为是锦鲤的正宗。体表底色银白如雪，上镶嵌有变幻多端的红色斑纹，在清澈透明的水中遨游，可谓鲜艳绝伦。红白色花纹象征日本国旗的颜色，故最与日本人意含融合，备受日本人民喜爱。红白锦鲤是1917年由兰木五助所培育（兰木是地名，五助是店名）。它是以全身有红点斑纹的雄性“樱斑”鱼与头顶有红斑纹的雌鱼交配而成。根据红色斑纹的数量，生长和形状和部位又分为：

1、二段红白锦鲤：在洁白的鱼体上，生有两段绯红色的斑纹，似红色的晚霞，鲜艳夺目。
2、三段红白锦鲤：鱼体背部生有3段配上赤色的斑纹。
3、四段红白锦鲤：银白色的鱼体上散布着4块鲜艳的红斑。
4、一条红锦鲤：在雄健的鱼体上，从头部至发声柄形成一优美的红色条带。
5、闪电纹红白锦鲤：鱼体上从头至发声有一红色斑纹，此斑纹形状恰似雷雨天的闪电光弯弯曲曲，妙不可言，因此而得名。
6、富士红白锦鲤：红白锦鲤的头上有银白色粒状斑点，恰似富士山顶的积雪。但是此斑点只出现在1龄或2龄鱼体上，长大后有时会消失。
7、拿破仑红白锦鲤：鱼体腹部两侧的斑纹酷似法国统治者拿破仑佩载的帽子。
8、御殿樱锦鲤：小粒红斑聚集成葡萄状的花纹，均匀地分布在鱼体背部两侧。

二、大正三色锦鲤：鱼体底色雪白，又浮现出绯红、乌黑两色斑纹。
1、口红三色：嘴吻上有小红斑的大正三色。
2、赤三色：自头、背一直到尾结有连续红斑纹的大正三色，视觉上给人一种强烈的感觉，但品位不高。
3、德国三色：德国鲤的大正三色称之。
另有衣三色归类于衣，鹿子三色及三色秋翠归类于变种鲤，大各锦归类于花纹皮光鲤，金银鳞三色及丹顶三色分别归类于金银鳞与丹顶类。

三、写鲤：鱼体以黑色为底色，上面有三角形的或白或红或黄的斑纹。
1、白写锦鲤：其三角形斑纹呈白色。此鱼黑白分明。
2、黄写锦鲤：其黄斑纹金黄而有光泽。
3、绯写锦鲤：其三角形斑纹呈橙红色，胸鳍也有红色斑纹。

四、昭和三色锦鲤：鱼体以黑色为底色，上有红、白花纹。
1、淡黑昭和锦鲤 ：黑色部分的所有的鳞片呈浅黑色，端庄幽雅。
2、绯昭和锦鲤： 黑色底纹上从头部至尾部，有大面积的红色斑纹。
3、近代昭和锦鲤 ：鱼体仍由黑、红、白三色组成，且白色占了主流，色彩鲜明。
4、德国昭和锦鲤： 以镜鲤与日本昭和的杂交。

五、别光锦鲤：在白、红、黄的不同底色上，呈现黑斑纹。
1、白别光锦鲤：大正三色去掉红斑就是白别光，也就是白底上有黑斑的锦鲤。鱼体的底色洁白，其上的黑斑纯黑，色浓，分布于躯干部和尾柄部，黑白相同，色彩极为明快清秀。　　
2、赤别光锦鲤： 鱼体底色为红色，背部有黑斑纹的，称为「赤别光」。　　
3、黄别光锦鲤： 在黄色的鱼体上，点缀着漆黑如墨的黑斑，称之为黄别光。

六、浅黄锦鲤：背部呈深蓝色或淡蓝色，而鳞片的外缘呈白色，左或颊颚、腹部和各鳍基部呈红色。
1、水浅黄锦鲤：这是浅黄锦鲤中体色最浅的一种。
2、绀青浅黄锦鲤：鱼体呈鲜艳的深蓝色，是知名品种之一。
3、鸣海浅黄锦鲤：是浅黄锦鲤中最有代表性的品种。其鳞片中央呈深蓝色，而鳞片的边缘却呈浅蓝色，两色相映，如同湖面的波光漪涟，动人心弦。
4、 秋翠锦鲤：该品种为杂交品系，在鱼背上有一条紧密排列的鱼鳞，一直到鱼体尾部，腹部的侧线上也有一排鱼鳞，其他部位没有鱼鳞。背上的钴蓝色和下腹部的红色花纹相映成趣，属浅黄锦鲤的珍品。秋翠锦鲤的变种名叫“绯秋翠”，其背部分别有各种绯红的花纹，价值更高。

七、衣锦鲤：是浅黄锦鲤和红白锦鲤或三色锦鲤杂交的后代。
1、蓝衣锦鲤：是红白锦鲤与浅黄锦鲤杂交的后代。在红色斑纹上略带色，而红斑上的鳞片后缘又有半月形的蓝色网状花纹。是锦鲤中受欢迎的品种之一。
2、墨衣锦鲤：在红白锦鲤的红斑上再浮现出黑色的斑纹。
3、衣三色锦鲤：是蓝衣锦鲤与大正三色锦鲤交配所产唾的品种。在大正三色锦鲤的红色斑纹上显露出蓝色斑纹。
4、衣昭和锦鲤：是蓝衣锦鲤与昭和三色锦鲤交配所产生的品种。在昭和三色锦鲤的红斑上出现蓝色斑纹。